دود حاصل از مصرف قلیان ترکیبی از مواد دخانی و سوختی است که خطر جدی برای اطرافیان خصوصاً کودکان محسوب می شود و يك ساعت درمعرض دود قليان ماندن معادل مصرف 6 تا 8 نخ سيگار است. دود حاصل از مصرف قلیان مجموعه ای از مواد سرطان زای ناشی از سوختن ذغال است كه این مواد عامل اصلی بروز سرطان ریه، بیماریهای قلبی و عروقی، سرطان های ریه، لب، دهان، حنجره، مری، معده، لوزالمعده، مثانه ، کبد و روده بزرگ از عوارض بدخیم مصرف طولانی مدت استفاده از قلیان است.
استفاده از قليان بعنوان وسيله تفريحي و دردسترس بودن، عرضه روزافزون و شايع قليان در اماكن تفريحي و رستورانها و قهوهخانهها با تنباكوهاي ميوهاي و معطر موجب گرايش نوجوانان و جوانان به سمت مصرف آن شده است. اما تنباکو میوه ای به دلیل داشتن رطوبت موجب رشد انواع قارچ ها و میکروب های کشنده در آن می شود و افزودن الکل یا داروهای روانگردان به تنباکوی قلیانهای میوه ای از دیگر خطرات استعمال این قلیانها به شمار می رود.
بسیاری از افرادی که درگذشته از قلیانهای میوه ای استفاده می کرده اند و دچار افت فشار و سردردهای چند روزه می شدند ،امروز بر این باورند که مصرف قلیان میوه ای در یک سال اخیر موجب سردرد، عدم تمرکز و به هم خوردن تعادل بدن آنها می شود.